在自然界，土壤是微生物栖息生长的最适环境。土壤中存在着种类繁多、数量巨大的各种微生物，它们构成了一个相对稳定的生态群落。一个或多个有害的微生物种群，从外界侵人土壤并在其中大量繁衍，可以破坏原来的动态平衡，对人类或生态系统产生不良影响。未经处理的粪便、垃圾、城市生活污水、以及饲养场和屠宰场的污物等，均可带入有害的微生物种群，造成土壤污染。其中，以传染病医院来经消毒处理的污水和污物危害最烈。

污染土壤的病原微生物类同于污染水体的微生物。它们不仅危害人类健康，也严重地危害植物，造成农业减产。例如某些植物致病细菌侵入土壤后，能够引起番茄、茄子、辣椒、马铃薯、烟草、颠茄等百余种茄科植物和茄科以外植物的青枯病，也能够引起果树的细菌性溃疡和根癌病。某些致病真菌则能够引起大白菜、油菜、芥菜。萝卜、甘蓝、荠菜等一百余种栽培和野生十字花科蔬菜的根肿病，也能诱发茄子、棉花、黄瓜、西瓜等多种植物的枯萎病，菜豆、豇豆等的根腐病，以及小麦、大麦、燕麦、高梁、玉米、谷子的黑穗病等。

要防治土壤的微生物污染，必须对污染源进行无害处理。并通过研究污染微生物在土壤以及生态系统中的迁移、分布和消长规律，采取相应的控制措施。