求助检验过程中遇到企业标准不更新问题，该怎样解决？

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目前发现，保健食品的检验中，部分企业标准所有微生物检验项目还是沿用旧的标准，如菌落总数，沙门，金葡等检验标准为2003版，作为检验部门，是否可以直接更新为最新版本，因为目前的GB 4789-2010版不是强制执行的嘛？但是问题是企业标准中引用这样一段话“凡是注日期的引用文件，其随后的所有修改单或修订版均不适用与本标准，然而，鼓励根据本标准达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本”，这样的话，是否需要与企业沟通，经过企业的同意，才能使用最新版本进行检验？想问现在是否有什么红头文件或第几号令来说明一下这样的事情呢？作为检验部门直接变更为最想版本进行检验是否可行呢？请各位专家给点建议，谢谢！